FastQC数据质量评估

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安装说明
视频示例
先安装jdk，过程见此文档

安装

cd /opt 
wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip
unzip fastqc_v0.11.9.zip
cd FastQC
chmod 755 fastqc
ln -s /opt/FastQC/fastqc /usr/local/bin/fastqc

主要参数：

-o --outdir FastQC生成的报告文件的储存路径，生成的报告的文件名是根据输入来定的
-t --threads 选择程序运行的线程数，
-q --quiet 安静运行模式，一般不选这个选项的时候，程序会实时报告运行的状况

例如：

fastqc -o outdir -t threads somefile.txt someotherfile.txt ...